补发工资扣缴个人所得税处理
一、政策依据
纳税人因政策性调资、职务晋升、工作调动、新员工定级、单位筹建期或资金困难等原因而取得扣缴义务人补发的以前月份工资，能按税法及财务制度规定处理相关帐务的，应把补发工资还原到所属月份，逐月重新计算当月应纳个人所得税税款，减去相应月份已缴纳税款，计算出补发工资各月应调整的税款，汇总合并到补发工资月份一并申报缴纳个人所得税。
对扣缴义务人补发工资后，未及时扣缴个人所得税并按期解缴税款的，应按照征管法规定计算征收滞纳金；对扣缴义务人及时扣缴个人所得税并按期解缴税款的，在税务总局明确前，可暂不予征收滞纳金。
二、前置条件
1.已办理税务登记或扣缴义务人登记；
2.已办理扣缴税款登记；
3.已建立征收代理方式为“代扣代缴”的工资薪金所得个人所得税的有效税费种认定；
4.签订三方协议。
补发工资客户端操作流程
一、金税三期客户端明细申报
主要适用于补发月份未进行过任何申报的情形，按照金税三期个人所得税扣缴系统操作流程按月进行明细申报即可。
二、金税三期客户端明细更正
主要适用于补发月份已通过金税三期客户端进行过明细申报，需要使用金税三期客户端按月进行申报错误更正的情形。
1.登陆金税三期个人所得税扣缴系统，点击左侧功能菜单【申报更正】，选择已通过客户端申报过的所得月份，点击“查询”，选择补发工资月份，点击右侧蓝色【更正】按钮。
2.进入更正主界面，此时申报类型变为“更正申报”，点击【填写】，进入人员工资修改界面，根据实际情况，将补发工资部分与原工资相加，然后填入“收入额”，确认信息无误后，点击【保存】，完成修改。
3.对每个人员完成修改后，确认无误，点击左侧功能菜单“申报表报送”，进入报送界面，系统自动生成新报表，核对报表信息无误后，点击【发送申报】；
输入申报密码，点击【确认】，根据系统提示信息进行下一步操作。
等待30秒后，点击【获取反馈】，查看是否申报成功，报表状态变为“申报成功，未扣款”即为申报成功。
由于重新安装客户端系统而又没有备份造成数据丢失的，请到税务局端进行申报错误更正。
三、滞纳金操作流程
客户端申报成功后，不符合“不予加收滞纳金”情况的，可以直接通过左侧功能菜单“网上缴款”中税款缴纳模块进行缴纳，然后回到“申报表报送”界面，再次点击【获取反馈】获取划款反馈。
符合“不予加收滞纳金”的情况，需要到办税服务厅进行“不予加收滞纳金确认”操作，然后再用客户端划款，或者直接在办税服务厅缴款。
补发工资扣缴个人所得税处理
一、政策依据
纳税人因政策性调资、职务晋升、工作调动、新员工定级、单位筹建期或资金困难等原因而取得扣缴义务人补发的以前月份工资，能按税法及财务制度规定处理相关帐务的，应把补发工资还原到所属月份，逐月重新计算当月应纳个人所得税税款，减去相应月份已缴纳税款，计算出补发工资各月应调整的税款，汇总合并到补发工资月份一并申报缴纳个人所得税。
对扣缴义务人补发工资后，未及时扣缴个人所得税并按期解缴税款的，应按照征管法规定计算征收滞纳金；对扣缴义务人及时扣缴个人所得税并按期解缴税款的，在税务总局明确前，可暂不予征收滞纳金。
二、前置条件
1.已办理税务登记或扣缴义务人登记；
2.已办理扣缴税款登记；
3.已建立征收代理方式为“代扣代缴”的工资薪金所得个人所得税的有效税费种认定；
4.签订三方协议。
补发工资客户端操作流程
一、金税三期客户端明细申报
主要适用于补发月份未进行过任何申报的情形，按照金税三期个人所得税扣缴系统操作流程按月进行明细申报即可。
二、金税三期客户端明细更正
主要适用于补发月份已通过金税三期客户端进行过明细申报，需要使用金税三期客户端按月进行申报错误更正的情形。
1.登陆金税三期个人所得税扣缴系统，点击左侧功能菜单【申报更正】，选择已通过客户端申报过的所得月份，点击“查询”，选择补发工资月份，点击右侧蓝色【更正】按钮。
2.进入更正主界面，此时申报类型变为“更正申报”，点击【填写】，进入人员工资修改界面，根据实际情况，将补发工资部分与原工资相加，然后填入“收入额”，确认信息无误后，点击【保存】，完成修改。
3.对每个人员完成修改后，确认无误，点击左侧功能菜单“申报表报送”，进入报送界面，系统自动生成新报表，核对报表信息无误后，点击【发送申报】；
输入申报密码，点击【确认】，根据系统提示信息进行下一步操作。
等待30秒后，点击【获取反馈】，查看是否申报成功，报表状态变为“申报成功，未扣款”即为申报成功。
由于重新安装客户端系统而又没有备份造成数据丢失的，请到税务局端进行申报错误更正。
三、滞纳金操作流程
客户端申报成功后，不符合“不予加收滞纳金”情况的，可以直接通过左侧功能菜单“网上缴款”中税款缴纳模块进行缴纳，然后回到“申报表报送”界面，再次点击【获取反馈】获取划款反馈。
符合“不予加收滞纳金”的情况，需要到办税服务厅进行“不予加收滞纳金确认”操作，然后再用客户端划款，或者直接在办税服务厅缴款。