有一种难过叫做电泳
“你知道吗,我去打印实验论文,打印店大叔居然对我说,小伙子你这电泳跑得不行啊......”
“啊,为什么我的条带弥散啦!!!”
你是不是也经常碰到上面的问题?核酸电泳作为分子生物学最基本的实验技术,虽然简单,但却不是每个人都能跑出清晰好看的条带。想要掌握好该项基本功,首先需要熟悉实验步骤,其次有一个重点就是选择合适的电泳产品,然后就是掌握以下8大诀窍。
有一种安慰叫做实验贴士
今天热心的我就整理了一些DNA/RNA分析常见问题的处理诀窍,帮助大家改善自己的电泳结果。
诀窍1
选择合适的分子量标准
对于常规电泳实验,根据目的片段大小选择50 bp, 100bp或1kb DNA ladder;如果目的片段分子量非常小或大,则选择LowRange或High Range的DNA ladder。
对PCR产物或高通量凝胶的DNA条带进行分子量大小测定,这一类应用需要条带较少的DNA分子量标准。不妨试试FastRuler DNA Ladder。该产品可以在琼脂糖凝胶上运行8-14分钟后,可在较短的电泳距离(10–20 mm)轻松分离。
如果需要对琼脂糖凝胶中的DNA片段进行精确定量和分子量鉴定,则推荐使用MassRuler。更多选择,可在www.thermofisher.com/generuler查询。
诀窍2
选择最佳的琼脂糖凝胶浓度
琼脂糖浓度对您的样品以及凝胶上的分子量标准的分离质量有较大影响。待分析DNA片段越长,所需的琼脂糖凝胶浓度越低(参见下表)。
诀窍3
选择最佳的电泳运行缓冲液
采用TAE还是TBE运行缓冲液?
【TAE】
分离较长的片段(通常用于>1 kb的片段),使用TAE缓冲液效果更好
与酶促反应物相容
推荐用于凝胶电泳制备
【TBE】
通常更适合分离较小的DNA片段
图. 选择最佳的电泳缓冲液。
在TBE缓冲液中,线性双链核酸片段的迁移速率大约下降10%。
诀窍4
选择适当的样品上样染料/缓冲液
样品上样缓冲液有两个作用:
提供眼睛可见的染料,让您可以在凝胶上样时观察样品;电泳过程中还可形成染料前沿,让您可以看到凝胶电泳前进的距离。
其中含有高百分比的甘油,让样品比电泳缓冲液更重,从而沉到孔底,避免样品扩散到电泳缓冲液中。
选择上样缓冲液后,DNA样品和分子量标准务必采用同一种缓冲液。要避免因上样缓冲液中的示踪染料遮挡目的条带。例如,6X Orange DNA上样缓冲液含有Orange G(迁移性类似于50 bp DNA)和二甲苯蓝(迁移性类似于4,000 bp DNA)示踪染料。因此,尽管这种上样缓冲液通常非常适合于小片段电泳,但由于Orange G的干扰,约50 bp长度的条带可能不可见。
图.选择最适宜的凝胶电泳样品上样染料/缓冲液。
诀窍5
选择最适宜的上样量
凝胶上的DNA上样过多,会影响样品的迁移。上样过多会降低片段电泳速率,导致测得的分子大小要超过实际的分子大小。
凝胶上的DNA上样太少,则会导致难以在凝胶上检测出靶标,尤其是较小条带会非常微弱。
如果采用溴化乙锭(EtBr)或SYBR Safe DNA凝胶染料对凝胶染色,请确保各个孔上样的DNA量至少达到20 ng/条带。SYBR Gold核酸凝胶染料要比EtBr或SYBR Safe DNA凝胶染料更灵敏,各个孔上样的DNA至少应达到1 ng/条带。
诀窍6
选择理想的凝胶尺寸
小凝胶:常采用 8 x 10 cm凝胶(mini凝胶)。这种尺寸的凝胶成像非常方便。mini凝胶的琼脂糖溶液体积通常为30–50 mL。
大凝胶:较大的凝胶用于Southern和northern印迹等应用。这些凝胶的琼脂糖溶液体积应为大约250 mL。
诀窍7
避免“微笑”效应
导致凝胶条带“微笑”效应的主要原因有:
1. 不同泳道的凝胶不均匀受热。这通常是由于电压过高造成的。为避免出现这种情况,用户可以采用更低的速度运行凝胶(降低电压),从而最大限度减少温度不一致性。
2. 电场在凝胶宽度范围内不均匀分布。检查电泳槽设置是否存在触头松动或其他潜在故障可以有效解决这一问题。
图. 凝胶的“微笑”效应
诀窍8
诀窍8:凝胶浸入电泳缓冲液的重要性
凝胶必须完全浸入到电泳缓冲液中,保持液面没过凝胶表面至少3–5 mm。电泳缓冲液不足会导致分辨率下降、条带变形,甚至引起凝胶融解。而电泳缓冲液过多则会导致DNA迁移速度下降,同样会导致条带变形。
图. 电泳缓冲液的体积会影响DNA迁移速度和条带分辨率。
有一种福利叫做促销
GET到了实验贴士,那更要GET到合适的产品,才能满足你增加电泳的成功率的希望!
核酸电泳——DNA/RNA Ladder限时促销中
我们提供10 bp到48.5 kb分子量范围的50多种Thermo Scientific DNA和RNA分子量标准,其生产过程由色谱纯化的单个核酸片段组成,可用于准确分析琼脂糖或聚丙烯酰胺凝胶中的线性双链DNA或RNA。
高纯度,条带清晰明亮
多种类型可供选择,满足不同的实验需求
可提供常规型和即用型
有一种难过叫做电泳
“你知道吗,我去打印实验论文,打印店大叔居然对我说,小伙子你这电泳跑得不行啊......”
“啊,为什么我的条带弥散啦!!!”
你是不是也经常碰到上面的问题?核酸电泳作为分子生物学最基本的实验技术,虽然简单,但却不是每个人都能跑出清晰好看的条带。想要掌握好该项基本功,首先需要熟悉实验步骤,其次有一个重点就是选择合适的电泳产品,然后就是掌握以下8大诀窍。
有一种安慰叫做实验贴士
今天热心的我就整理了一些DNA/RNA分析常见问题的处理诀窍,帮助大家改善自己的电泳结果。
诀窍1
选择合适的分子量标准
对于常规电泳实验,根据目的片段大小选择50 bp, 100bp或1kb DNA ladder;如果目的片段分子量非常小或大,则选择LowRange或High Range的DNA ladder。
对PCR产物或高通量凝胶的DNA条带进行分子量大小测定,这一类应用需要条带较少的DNA分子量标准。不妨试试FastRuler DNA Ladder。该产品可以在琼脂糖凝胶上运行8-14分钟后,可在较短的电泳距离(10–20 mm)轻松分离。
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诀窍2
选择最佳的琼脂糖凝胶浓度
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诀窍3
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【TAE】
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与酶促反应物相容
推荐用于凝胶电泳制备
【TBE】
通常更适合分离较小的DNA片段
图. 选择最佳的电泳缓冲液。
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诀窍4
选择适当的样品上样染料/缓冲液
样品上样缓冲液有两个作用:
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图.选择最适宜的凝胶电泳样品上样染料/缓冲液。
诀窍5
选择最适宜的上样量
凝胶上的DNA上样过多,会影响样品的迁移。上样过多会降低片段电泳速率,导致测得的分子大小要超过实际的分子大小。
凝胶上的DNA上样太少,则会导致难以在凝胶上检测出靶标,尤其是较小条带会非常微弱。
如果采用溴化乙锭(EtBr)或SYBR Safe DNA凝胶染料对凝胶染色,请确保各个孔上样的DNA量至少达到20 ng/条带。SYBR Gold核酸凝胶染料要比EtBr或SYBR Safe DNA凝胶染料更灵敏,各个孔上样的DNA至少应达到1 ng/条带。
诀窍6
选择理想的凝胶尺寸
小凝胶:常采用 8 x 10 cm凝胶(mini凝胶)。这种尺寸的凝胶成像非常方便。mini凝胶的琼脂糖溶液体积通常为30–50 mL。
大凝胶:较大的凝胶用于Southern和northern印迹等应用。这些凝胶的琼脂糖溶液体积应为大约250 mL。
诀窍7
避免“微笑”效应
导致凝胶条带“微笑”效应的主要原因有:
1. 不同泳道的凝胶不均匀受热。这通常是由于电压过高造成的。为避免出现这种情况,用户可以采用更低的速度运行凝胶(降低电压),从而最大限度减少温度不一致性。
2. 电场在凝胶宽度范围内不均匀分布。检查电泳槽设置是否存在触头松动或其他潜在故障可以有效解决这一问题。
图. 凝胶的“微笑”效应
诀窍8
诀窍8:凝胶浸入电泳缓冲液的重要性
凝胶必须完全浸入到电泳缓冲液中,保持液面没过凝胶表面至少3–5 mm。电泳缓冲液不足会导致分辨率下降、条带变形,甚至引起凝胶融解。而电泳缓冲液过多则会导致DNA迁移速度下降,同样会导致条带变形。
图. 电泳缓冲液的体积会影响DNA迁移速度和条带分辨率。
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可提供常规型和即用型