蛋白质修饰位点预测详解

蛋白质修饰位点分析

实验目的........................................................................................................................................... 2

实验平台........................................................................................................................................... 2

实验过程........................................................................................................................................... 3

一、“人类connexin43”蛋白质磷酸化位点修饰 ................................................................. 3

1、“人类connexin43”蛋白质序列下载 ....................................................................... 3

2、uniprot数据库查看蛋白磷酸化位点 ........................................................................ 4

3、在线软件预测指定蛋白磷酸化位点 ......................................................................... 6

（1）DISPHOS 1.3预测未知蛋白磷酸化位点 ..................................................... 6

（2）PhosphoSitePlus预测指定蛋白磷酸化位点 ............................................... 11

4、“人类connexin43”蛋白质磷酸修饰结论 ............................................................. 14

二、“人类血红蛋白”糖基化位点修饰 ............................................................................... 15

1、N型糖基化位点预测 ............................................................................................... 15

2、O型糖基化位点预测 ............................................................................................... 18

（1）哺乳动物O型糖基化位点预测 .................................................................. 18

（2）真核生物O型糖基化位点预测 .................................................................. 20

3、uniprot数据库查看蛋白质糖基化修饰位点 .......................................................... 22

4、“人类血红蛋白”糖基化位点修饰结论 ................................................................. 22

实验结论......................................................................................................................................... 23 （特别提示:ctrl+单击目录下的标题链接，可以跟踪标题；ctrl+单击标题后的图标可以返回目录）

实验目的

● 找出“人类connexin43”蛋白质上面的所有可能磷酸化位点，

并说明为什么（注释）

● 找出“人类血红蛋白”上面的糖基化位点，注释结果

实验平台

● uniprot数据库: (查看蛋白的修饰

情况)

● 预测未知蛋白磷酸化位点

DISPHOS:

PhosphoSitePlus:

预测未知蛋白的糖基化修饰位点

N型糖基化位点预测：http://www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/

O型糖基化位点预测：http://www.cbs.dtu.dk/services/NetOGlyc/ http://www.cbs.dtu.dk/services/YinOYang/

实验过程

一、“人类connexin43”蛋白质磷酸化位点修饰

1、“人类connexin43

”蛋白质序列下载

蛋白序列： fasta.txt

2、uniprot

数据库查看蛋白磷酸化位点

网站链接： http://www.uniprot.org/

、在线软件预测指定蛋白磷酸化位点

（1）DISPHOS 1.3

预测未知蛋白磷酸化位点

网站链接：http://www.dabi.temple.edu/disphos/

开始预测

结果

DISPHOS由蛋白序列预测蛋白磷酸修饰位点，总共有37个丝氨酸修饰位点，13个苏氨酸修饰位点，16个酪氨酸修饰位点。但是根据打分，只有8个丝氨酸修饰位点可能存在。

（2）PhosphoSitePlus预测指定蛋白磷酸化位点

网站链接：http://www.phosphosite.org

●

开始预测

● 结果

筛选参考文献来源多于5篇的磷酸化修饰位点，丙氨酸磷酸化修饰位点数目为1、丝氨酸为17、苏氨酸数目为1、酪氨酸数目为7。

4、“人类connexin43”蛋白质磷酸修饰结论

在线数据库查询和在线软件预测结果基本一致，“人类connexin43”蛋白质磷酸位点数量相对一般蛋白质较多，且丝氨酸磷酸修饰位点最多。“人类connexin43”蛋白质极有可能是一种活性较

高的蛋白质，与机体的生物活性显著相关。

通过各种文献阅读和网络筛选发现connexin43蛋白质是一种哺乳动物连接蛋白，是主要的细胞缝隙连接蛋白，其表达的异常与多种疾病的发生有关。

二、

“人类血红蛋白”糖基化位点修饰

Ncbi下载人类血红蛋白的蛋白序列保存为：hemoglobin.txt

1、N

型糖基化位点预测

网站链接：http://www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/

开始预测

结果

2、O

型糖基化位点预测

（1）哺乳动物O型糖基化位点预测

网站链接：http://www.cbs.dtu.dk/services/NetOGlyc/ 开始预测

结果

（2）真核生物O型糖基化位点预测

网站链接：http://www.cbs.dtu.dk/services/YinOYang/ ●

开始预测

●

结果

3、uniprot数据库查看蛋白质糖基化修饰位点

4、

“人类血红蛋白”糖基化位点修饰结论

在线数据库查询和在线软件预测结果基本一致，人类血红蛋白基本没有O型糖基化修饰位点,但是存在N型糖基化修饰位点。血红蛋白是高等生物体内负责运载氧的一种蛋白质，糖基化修饰可能和血红蛋白的信号传导功能有关。

实验结论

人类connexin43”蛋白质磷酸位点数量相对一般蛋白质较多，且丝氨酸磷酸修饰位点最多；人类血红蛋白基本没有O型糖基化修饰位点,但是存在N型糖基化修饰位点。