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计算机辅助药物设计实验的探索与心得 作者：王斯捷 李晓蓬 郝辰业 刘桂霞 李卫华 唐赟
来源：《科教导刊》2014年第25期
摘 要 计算机辅助药物设计是一门较新兴的学科，是药物科学领域的前沿学科。我们大学生创新实验小组的研究主要围绕计算机辅助药物设计，通过药物分子对接、药效团模型、3D-QSAR 以及高通量虚拟筛选等技术来研究大创课题——靶向ERR 的计算机辅助抗II 型糖尿病药物设计研究。全文主要讲述实验研究内容、研究过程和实验中的收获与心得。
关键词 计算机辅助药物设计 大学生 创新实验 探索
中图分类号：G424 文献标识码：A
Exploration and Experience on Computer-aided Drug Design Experiment
WANG Sijie， LI Xiaopeng， HAO Chenye， LIU Guixia， LI Weihua， TANG Yun （School of Pharmacy， East China University of Science and Technology， Shanghai 200237， China）
Abstract Computer-aided drug design is a relatively new discipline， as well as a frontier subject in the field of medical science. The research group mainly focuses on the computer-aided drug design. Through the molecular docking， pharmacophore model， 3D-QSAR and high-throughput virtual screening technology， we tried to do some study on the drug design targeting ERR alpha for the treatment of type 2 diabetes. In the present paper， the research contents and the process， as well as the gain and thoughts from the experiment were described in detail.
Key words computer-aided drug design； undergraduate； innovative experiment； exploration 0 引言
药物化学家们一直使用着药物设计思想，他们在对先导化合物进行优化时所使用的生物电子等排原理、前药原理以及拼合原理等，就是传统的、定性的、经验型的设计思想。这些方法不需要对靶标结构有深入的了解，具有较强的实用性，但较难突破原来化合物的框架，因此主要用于先导化合物优化。随着计算机科学技术的发展，计算机在药物发现中的应用越来越广，逐渐出现了计算机辅助药物设计思想，即以计算机为工具，根据已掌握的靶标结构知识和/或已知活性化合物的知识，对药物-靶标相互作用机理进行归纳、分析和预测，从而指导下一步药物分子的合成。通过计算机辅助设计和筛选，一方面可以加速先导化合物的发现和优化，从而缩短药物研究与开发的周期；另一方面还可以降低开发的成本，减少人力、物力和财力的浪费。短短四十几年来，计算机辅助药物设计在药物从概念到上市的过程中起着越来越关键的作
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计算机辅助药物设计实验的探索与心得 作者：王斯捷 李晓蓬 郝辰业 刘桂霞 李卫华 唐赟
来源：《科教导刊》2014年第25期
摘 要 计算机辅助药物设计是一门较新兴的学科，是药物科学领域的前沿学科。我们大学生创新实验小组的研究主要围绕计算机辅助药物设计，通过药物分子对接、药效团模型、3D-QSAR 以及高通量虚拟筛选等技术来研究大创课题——靶向ERR 的计算机辅助抗II 型糖尿病药物设计研究。全文主要讲述实验研究内容、研究过程和实验中的收获与心得。
关键词 计算机辅助药物设计 大学生 创新实验 探索
中图分类号：G424 文献标识码：A
Exploration and Experience on Computer-aided Drug Design Experiment
WANG Sijie， LI Xiaopeng， HAO Chenye， LIU Guixia， LI Weihua， TANG Yun （School of Pharmacy， East China University of Science and Technology， Shanghai 200237， China）
Abstract Computer-aided drug design is a relatively new discipline， as well as a frontier subject in the field of medical science. The research group mainly focuses on the computer-aided drug design. Through the molecular docking， pharmacophore model， 3D-QSAR and high-throughput virtual screening technology， we tried to do some study on the drug design targeting ERR alpha for the treatment of type 2 diabetes. In the present paper， the research contents and the process， as well as the gain and thoughts from the experiment were described in detail.
Key words computer-aided drug design； undergraduate； innovative experiment； exploration 0 引言
药物化学家们一直使用着药物设计思想，他们在对先导化合物进行优化时所使用的生物电子等排原理、前药原理以及拼合原理等，就是传统的、定性的、经验型的设计思想。这些方法不需要对靶标结构有深入的了解，具有较强的实用性，但较难突破原来化合物的框架，因此主要用于先导化合物优化。随着计算机科学技术的发展，计算机在药物发现中的应用越来越广，逐渐出现了计算机辅助药物设计思想，即以计算机为工具，根据已掌握的靶标结构知识和/或已知活性化合物的知识，对药物-靶标相互作用机理进行归纳、分析和预测，从而指导下一步药物分子的合成。通过计算机辅助设计和筛选，一方面可以加速先导化合物的发现和优化，从而缩短药物研究与开发的周期；另一方面还可以降低开发的成本，减少人力、物力和财力的浪费。短短四十几年来，计算机辅助药物设计在药物从概念到上市的过程中起着越来越关键的作