污染物排放总量控制司（简称总量司）
主要职责：
承担落实国家减排目标的责任。拟订主要污染物排放总量控制、排污许可证和环境统计政策、行政法规、部门规章、制度和规范，并监督实施。组织测算并确定重点区域、流域、海域的环境容量。组织编制总量控制计划。提出实施总量控制的污染物名称、总量控制的数量及对各省（自治区、直辖市）和重点企业的控制指标。监督管理纳入国家总量控制的主要污染物减排工作。负责污染减排工程运行监督工作。建立和组织实施总量减排责任制考核制度。负责审核涉及增加主要污染物排放总量新上项目的总量指标。负责核准节能减排财政和价格补贴。负责环境统计和污染源普查工作。组织编制并发布环境统计年报和统计报告。组织开展排污权交易工作。
内设机构：
根据上述职责，设4个内设机构。
1、综合处
承担司内文电、会务、机要、保密、安全、印章、档案、财务预算、固定资产管理、政务信息与公开、工作计划与总结等综合性事务和综合协调工作；组织拟订并监督实施总量减排责任制考核制度、排污许可证制度；建立重点污染源台帐；组织开展总量减排核查工作。
2、水污染物总量控制处（简称水总量处）
拟订水污染物排放总量控制制度、规范并监督实施；组织编制主要水污染物总量控制计划及年度减排方案，并监督实施；组织核定主要水污染物排放总量减排情况；审核新增水污染物排放项目总量指标；负责水污染减排工程运行监督工作。
3、大气污染物总量控制处（简称大气总量处）
拟订大气污染物排放总量控制制度、规范并监督实施；组织编制主要大气污染物总量控制计划和年度减排方案，并监督实施；组织核定大气污染物总量减排情况；审核新增大气污染物排放项目总量指标；负责大气污染减排工程运行监督工作。
4、统计处
拟订环境统计管理制度；组织编制环境统计规划与计划，并监督实施；承担污染源普查工作；承担环境统计工作；组织编制并发布环境统计年报和统计报告。
污染物排放总量控制司（简称总量司）
主要职责：
承担落实国家减排目标的责任。拟订主要污染物排放总量控制、排污许可证和环境统计政策、行政法规、部门规章、制度和规范，并监督实施。组织测算并确定重点区域、流域、海域的环境容量。组织编制总量控制计划。提出实施总量控制的污染物名称、总量控制的数量及对各省（自治区、直辖市）和重点企业的控制指标。监督管理纳入国家总量控制的主要污染物减排工作。负责污染减排工程运行监督工作。建立和组织实施总量减排责任制考核制度。负责审核涉及增加主要污染物排放总量新上项目的总量指标。负责核准节能减排财政和价格补贴。负责环境统计和污染源普查工作。组织编制并发布环境统计年报和统计报告。组织开展排污权交易工作。
内设机构：
根据上述职责，设4个内设机构。
1、综合处
承担司内文电、会务、机要、保密、安全、印章、档案、财务预算、固定资产管理、政务信息与公开、工作计划与总结等综合性事务和综合协调工作；组织拟订并监督实施总量减排责任制考核制度、排污许可证制度；建立重点污染源台帐；组织开展总量减排核查工作。
2、水污染物总量控制处（简称水总量处）
拟订水污染物排放总量控制制度、规范并监督实施；组织编制主要水污染物总量控制计划及年度减排方案，并监督实施；组织核定主要水污染物排放总量减排情况；审核新增水污染物排放项目总量指标；负责水污染减排工程运行监督工作。
3、大气污染物总量控制处（简称大气总量处）
拟订大气污染物排放总量控制制度、规范并监督实施；组织编制主要大气污染物总量控制计划和年度减排方案，并监督实施；组织核定大气污染物总量减排情况；审核新增大气污染物排放项目总量指标；负责大气污染减排工程运行监督工作。
4、统计处
拟订环境统计管理制度；组织编制环境统计规划与计划，并监督实施；承担污染源普查工作；承担环境统计工作；组织编制并发布环境统计年报和统计报告。